研究キーワード	research interests	ゲノム,トランスクリプトーム,フェノーム,機械学習,植物,微細藻類,バイオインフォマティクス	genome,transcriptome,phenome,machine learning,plant,microalgae,bioinformatics

研究分野	research research_areas	システムゲノム科学,作物生産科学,応用分子細胞生物学,循環型社会システム	Systems genomics,Crop production science,Applied molecular and cellular biology,Recycling systems and society

学歴	education	2000年04月 － 2003年03月 横浜市立大学 総合理学研究科 1998年04月 － 2000年03月 横浜市立大学 総合理学研究科 2000/04 － 2003/03 横浜市立大学 総合理学研究科 1998/04 － 2000/03 横浜市立大学 総合理学研究科

経歴	experience	2021年04月 － 長崎大学 情報データ科学部 教授(クロスアポイントメント) 2018年04月 － 横浜市立大学院生命ナノシステム研究科 木原生物学研究所 客員教授 2018年04月 － 理化学研究所バトンゾーンプログラム 副チームリーダー（兼務） 2015年04月 － 理化学研究所環境資源科学研究センター チームリーダー 2015年11月 － 2021年03月 岡山大学資源植物科学研究所 Institute of Plant Science and Resources 特任教授(クロスアポイントメント) 2013年04月 － 理化学研究所環境資源科学研究センター 副チームリーダー 2011年04月 － 横浜市立大学院ナノバイオシステム研究科 木原生物学研究所 植物ゲノム情報科学部門 客員准教授 2010年07月 － 理化学研究所バイオマス工学研究プログラム 上級研究員 2008年10月 － 理化学研究所植物科学研究センター 研究員 2005年10月 － 理化学研究所植物科学研究センター 特別研究員 2021/04 － 長崎大学 情報データ科学部 教授(クロスアポイントメント) 2018/04 － 横浜市立大学院生命ナノシステム研究科 木原生物学研究所 客員教授 2018/04 － 理化学研究所バトンゾーンプログラム 副チームリーダー（兼務） 2015/04 － 理化学研究所環境資源科学研究センター チームリーダー 2015/11 － 2021/03 Okayama University Institute of Plant Science and Resources 特任教授(クロスアポイントメント) 2013/04 － 理化学研究所環境資源科学研究センター 副チームリーダー 2011/04 － 横浜市立大学院ナノバイオシステム研究科 木原生物学研究所 植物ゲノム情報科学部門 客員准教授 2010/07 － 理化学研究所バイオマス工学研究プログラム 上級研究員 2008/10 － 理化学研究所植物科学研究センター 研究員 2005/10 － 理化学研究所植物科学研究センター 特別研究員 さらに表示する more

委員歴	committee memberships	2019年01月 － Plant and Cell Physiology誌 編集委員 2018年04月 － ナショナルバイオリソースプロジェクト(NBRP) オオムギ 委員 2018年01月 － 日本植物生理学会代議員 2016年01月 － International Brachypodium Steering Committee 2015年08月 － BMC Genomics 誌 Section Editor 2019/01 － Plant and Cell Physiology誌 編集委員 2018/04 － ナショナルバイオリソースプロジェクト(NBRP) オオムギ 委員 2018/01 － 日本植物生理学会代議員 2016/01 － International Brachypodium Steering Committee 2015/08 － BMC Genomics 誌 Section Editor

所属学協会	association memberships	日本分子生物学会,日本植物生理学会,日本育種学会	日本分子生物学会,日本植物生理学会,日本育種学会

受賞	awards	2019年04月 日本農芸化学会 トピックス賞 ユーグレナ油脂生産における硫黄に関する副次的反応の解明 2013年03月 『科学技術の「美」パネル展』優秀賞 2019年04月 日本農芸化学会 トピックス賞 2013年03月 『科学技術の「美」パネル展』優秀賞

論文	papers	Multi-omics signatures of diverse plant callus cultures June-Sik Kim,Muneo Sato,Mikiko Kojima,Muchamad Imam Asrori,Yukiko Uehara-Yamaguchi,Yumiko Takebayashi,Thi Nhung Do,Thi Yen Do,Kieu Oanh Nguyen Thi,Hitoshi Sakakibara,Keiichi Mochida,Shijiro Ogita,Masami Yokota Hirai Plant Biotechnology 41巻3号309頁-314頁 2024年09月25日 Functional data analysis-based yield modeling in year-round crop cultivation. Hidetoshi Matsui,Keiichi Mochida Horticulture research 11巻7号uhae144頁- 2024年07月 Transcriptome analysis of the Japanese eel (Anguilla japonica) during larval metamorphosis. Ryusuke Sudo,Taiga Asakura,Takashi Ishikawa,Rui Hatakeyama,Atushi Fujiwara,Komaki Inoue,Keiichi Mochida,Kazuharu Nomura BMC genomics 25巻1号585頁-585頁 2024年06月11日 Cytokinin and MAX2 signaling pathways act antagonistically in drought adaptation of Arabidopsis thaliana Kien Huu Nguyen,Zihan Li,Chengliang Wang,Chien Van Ha,Cuong Duy Tran,Mostafa Abdelrahman,Xuan Hoi Pham,Khuat Huu Trung,Tran Dang Khanh,Ha Duc Chu,Mohammad Golam Mostofa,Yasuko Watanabe,Yaping Wang,Yuchen Miao,Keiichi Mochida,Sikander Pal,Weiqiang Li,Lam Son Phan Tran Plant Stress 12巻 2024年06月 Comparative transcriptome analysis of respiration-related genes in nodules of phosphate-deficient soybean (Glycine max cv. Williams 82) Saad Sulieman,Chien Van Ha,Dung Tien Le,Mostafa Abdelrahman,Cuong Duy Tran,Yasuko Watanabe,Maho Tanaka,Zaid Ulhassan,Mohamed S. Sheteiwy,Sunil S. Gangurde,Keiichi Mochida,Motoaki Seki,Lam Son Phan Tran Plant Stress 11巻 2024年03月 High‐efficiency genome editing by Cas12a ribonucleoprotein complex in Euglena gracilis Toshihisa Nomura,June‐Silk Kim,Marumi Ishikawa,Kengo Suzuki,Keiichi Mochida Microbial Biotechnology 2024年02月08日 Genomic traces of Japanese malting barley breeding in two modern high-quality cultivars, 'Sukai Golden' and 'Sachiho Golden'. Shin Taketa,June-Sik Kim,Hidekazu Takahashi,Shunsuke Yajima,Yuichi Koshiishi,Toshinori Sotome,Tsuneo Kato,Keiichi Mochida Breeding science 73巻5号435頁-444頁 2023年12月 A metabolome genome-wide association study implicates histidine N-pi-methyltransferase as a key enzyme in N-methylhistidine biosynthesis in Arabidopsis thaliana Kai Uchida,June-Sik Kim,Muneo Sato,Hiromitsu Tabeta,Keiichi Mochida,Masami Yokota Hirai Frontiers in Plant Science 14巻 2023年06月08日 MORE PANICLES 3 , a natural allele of OsTB1/FC1 , impacts rice yield in paddy fields at elevated CO 2 levels Toshiyuki Takai,Yojiro Taniguchi,Megumu Takahashi,Hideki Nagasaki,Eiji Yamamoto,Sakiko Hirose,Naho Hara,Hiroko Akashi,Jun Ito,Yumiko Arai‐Sanoh,Kiyosumi Hori,Shuichi Fukuoka,Hidemitsu Sakai,Takeshi Tokida,Yasuhiro Usui,Hirofumi Nakamura,Kensuke Kawamura,Hidetoshi Asai,Takuma Ishizaki,Kyonoshin Maruyama,Keiichi Mochida,Nobuya Kobayashi,Motohiko Kondo,Hiroyuki Tsuji,Yasuhiro Tsujimoto,Toshihiro Hasegawa,Yusaku Uga The Plant Journal 2023年03月27日 Zeaxanthin is required for eyespot formation and phototaxis in Euglena gracilis. Shun Tamaki,Kazunari Ozasa,Toshihisa Nomura,Marumi Ishikawa,Koji Yamada,Kengo Suzuki,Keiichi Mochida Plant physiology 2023年01月06日 Multi-omics signatures of diverse plant callus cultures June-Sik Kim,Muneo Sato,Mikiko Kojima,Muchamad Imam Asrori,Yukiko Uehara-Yamaguchi,Yumiko Takebayashi,Thi Nhung Do,Thi Yen Do,Kieu Oanh Nguyen Thi,Hitoshi Sakakibara,Keiichi Mochida,Shijiro Ogita,Masami Yokota Hirai Plant Biotechnology 41.3.309-314 2024/09/25 Functional data analysis-based yield modeling in year-round crop cultivation. Hidetoshi Matsui,Keiichi Mochida Horticulture research 11.7.uhae144- 2024/07 Transcriptome analysis of the Japanese eel (Anguilla japonica) during larval metamorphosis. Ryusuke Sudo,Taiga Asakura,Takashi Ishikawa,Rui Hatakeyama,Atushi Fujiwara,Komaki Inoue,Keiichi Mochida,Kazuharu Nomura BMC genomics 25.1.585-585 2024/06/11 Cytokinin and MAX2 signaling pathways act antagonistically in drought adaptation of Arabidopsis thaliana Kien Huu Nguyen,Zihan Li,Chengliang Wang,Chien Van Ha,Cuong Duy Tran,Mostafa Abdelrahman,Xuan Hoi Pham,Khuat Huu Trung,Tran Dang Khanh,Ha Duc Chu,Mohammad Golam Mostofa,Yasuko Watanabe,Yaping Wang,Yuchen Miao,Keiichi Mochida,Sikander Pal,Weiqiang Li,Lam Son Phan Tran Plant Stress 12. 2024/06 Comparative transcriptome analysis of respiration-related genes in nodules of phosphate-deficient soybean (Glycine max cv. Williams 82) Saad Sulieman,Chien Van Ha,Dung Tien Le,Mostafa Abdelrahman,Cuong Duy Tran,Yasuko Watanabe,Maho Tanaka,Zaid Ulhassan,Mohamed S. Sheteiwy,Sunil S. Gangurde,Keiichi Mochida,Motoaki Seki,Lam Son Phan Tran Plant Stress 11. 2024/03 High‐efficiency genome editing by Cas12a ribonucleoprotein complex in Euglena gracilis Toshihisa Nomura,June‐Silk Kim,Marumi Ishikawa,Kengo Suzuki,Keiichi Mochida Microbial Biotechnology 2024/02/08 Genomic traces of Japanese malting barley breeding in two modern high-quality cultivars, 'Sukai Golden' and 'Sachiho Golden'. Shin Taketa,June-Sik Kim,Hidekazu Takahashi,Shunsuke Yajima,Yuichi Koshiishi,Toshinori Sotome,Tsuneo Kato,Keiichi Mochida Breeding science 73.5.435-444 2023/12 A metabolome genome-wide association study implicates histidine N-pi-methyltransferase as a key enzyme in N-methylhistidine biosynthesis in Arabidopsis thaliana Kai Uchida,June-Sik Kim,Muneo Sato,Hiromitsu Tabeta,Keiichi Mochida,Masami Yokota Hirai Frontiers in Plant Science 14. 2023/06/08 MORE PANICLES 3 , a natural allele of OsTB1/FC1 , impacts rice yield in paddy fields at elevated CO 2 levels Toshiyuki Takai,Yojiro Taniguchi,Megumu Takahashi,Hideki Nagasaki,Eiji Yamamoto,Sakiko Hirose,Naho Hara,Hiroko Akashi,Jun Ito,Yumiko Arai‐Sanoh,Kiyosumi Hori,Shuichi Fukuoka,Hidemitsu Sakai,Takeshi Tokida,Yasuhiro Usui,Hirofumi Nakamura,Kensuke Kawamura,Hidetoshi Asai,Takuma Ishizaki,Kyonoshin Maruyama,Keiichi Mochida,Nobuya Kobayashi,Motohiko Kondo,Hiroyuki Tsuji,Yasuhiro Tsujimoto,Toshihiro Hasegawa,Yusaku Uga The Plant Journal 2023/03/27 Zeaxanthin is required for eyespot formation and phototaxis in Euglena gracilis. Shun Tamaki,Kazunari Ozasa,Toshihisa Nomura,Marumi Ishikawa,Koji Yamada,Kengo Suzuki,Keiichi Mochida Plant physiology 2023/01/06 さらに表示する more

MISC

野外トランスクリプトーム解析による,オオムギ開花の新たな遺伝子制御機構の発見 KIM June-Sik,KIM June-Sik,井藤純,上原由紀子,高萩航太郎,金谷麻加,清水みなみ,井上小槙,岡田聡史,岡田聡史,松浦恭和,服部公央亮,池田陽子,最相大輔,辻寛之,辻寛之,平山隆志,佐藤和広,持田恵一,持田恵一,持田恵一,持田恵一,持田恵一 日本植物生理学会年会(Web) 65th巻 2024年 ベントグラスにおけるアシベンゾラルS-メチルに対する遺伝子発現応答 持田恵一,持田恵一,持田恵一,清水みなみ,南杏鶴,香西雄介,奥野健太郎,青柳岳人 日本植物病理学会大会プログラム・講演要旨予稿集 2023巻 2023年 シングルメリステムRNA-seq解析によるオオムギ茎頂メリステムの連続的な発生ステート推移の解明 井藤純,野村有子,高萩航太郎,KIM J.,KIM J.,鹿島誠,岡田聡史,佐藤奈緒,清水みなみ,最相大輔,持田恵一,平山隆志,辻寛之,辻寛之 育種学研究 25巻 2023年 形質予測モデル構築にむけた茎頂メリステムの連続的な発生ステート推移の解明 井藤純,野村有子,高萩航太郎,岡田聡史,久下修平,佐藤奈緒,新井駿一,松本大輝,杉村みどり,関緑,服部公央亮,梅崎太造,池田陽子,最相大輔,持田恵一,平山隆志,辻寛之 日本植物生理学会年会(Web) 63rd巻 2022年 ライフコースデータを用いたデータ科学に基づく形質予測モデル構築 平山隆志,最相大輔,井藤純,服部公央亮,岡田聡史,池田陽子,梅崎太造,辻寛之,持田恵一 日本植物生理学会年会(Web) 63rd巻 2022年 ベントグラスにおけるAcibenzolar-S-methyl植物活力剤に対する生理応答 持田恵一,持田恵一,持田恵一,清水みなみ,南杏鶴,香西雄介,奥野健太郎,青柳岳人 日本植物病理学会大会プログラム・講演要旨予稿集 2022巻 2022年 オオムギのユニークな花序構造に関する遺伝子発現解析 井藤純,佐藤奈緒,野村有子,新井駿一,高萩航太郎,岡田聡史,岡田聡史,武田(神谷)紀子,豊岡公徳,最相大輔,平山隆志,持田恵一,辻寛之,辻寛之 育種学研究 24巻 2022年 シングルメリステムRNA-seq解析によるオオムギ茎頂メリステムの発生ステート推移の解明 ITO Jun,NOMURA Yuko,TAKAHAGI Kotaro,OKADA Satoshi,SATO Nao,MATSUMOTO Hiroki,ARAI Shunichi,SUGIMURA Midori,SEKI Midori,HATTORI Koosuke,UMEZAKI Taizo,SAISHO Daisuke,MOCHIDA Keiichi,HIRAYAMA Takashi,TSUJI Hiroyuki 日本植物生理学会年会(Web) 63rd巻 2022年 状態形質を利用したデータ科学に基づく新たな形質予測モデル構築手法の開発 平山隆志,岡田聡史,最相大輔,井藤純,服部公央亮,池田陽子,梅崎太造,辻寛之,持田恵一 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 44th巻 2021年 シングルメリステムトランスクリプトームによるオオムギ茎頂部の発生トラジェクトリ解析 井藤純,野村有子,佐藤奈緒,岡田聡史,高萩航太郎,杉村みどり,関緑,最相大輔,持田恵一,平山隆志,辻寛之 育種学研究 23巻 2021年 Field transcriptome analysis unveils novel genetic pathways for early heading in spring barley KIM June-Sik,KIM June-Sik,井藤純,上原由紀子,高萩航太郎,金谷麻加,清水みなみ,井上小槙,岡田聡史,岡田聡史,松浦恭和,服部公央亮,池田陽子,最相大輔,辻寛之,辻寛之,平山隆志,佐藤和広,持田恵一,持田恵一,持田恵一,持田恵一,持田恵一 日本植物生理学会年会(Web) 65th. 2024 Transcriptome analysis in response to Acibenzolar-S-methyl in bentgrass 持田恵一,持田恵一,持田恵一,清水みなみ,南杏鶴,香西雄介,奥野健太郎,青柳岳人 日本植物病理学会大会プログラム・講演要旨予稿集 2023. 2023 Dissection of developmental state transition in the shoot apical meristem of barley by single meristem RNA-seq 井藤純,野村有子,高萩航太郎,KIM J.,KIM J.,鹿島誠,岡田聡史,佐藤奈緒,清水みなみ,最相大輔,持田恵一,平山隆志,辻寛之,辻寛之 育種学研究 25. 2023 Developmental state transition in the shoot apical meristem of barley 井藤純,野村有子,高萩航太郎,岡田聡史,久下修平,佐藤奈緒,新井駿一,松本大輝,杉村みどり,関緑,服部公央亮,梅崎太造,池田陽子,最相大輔,持田恵一,平山隆志,辻寛之 日本植物生理学会年会(Web) 63rd. 2022 Data driven crop design technology 平山隆志,最相大輔,井藤純,服部公央亮,岡田聡史,池田陽子,梅崎太造,辻寛之,持田恵一 日本植物生理学会年会(Web) 63rd. 2022 Physiological response to Acibenzolar-S-methyl in bentgrass 持田恵一,持田恵一,持田恵一,清水みなみ,南杏鶴,香西雄介,奥野健太郎,青柳岳人 日本植物病理学会大会プログラム・講演要旨予稿集 2022. 2022 Gene expression analysis of the unique inflorescence structure in barley 井藤純,佐藤奈緒,野村有子,新井駿一,高萩航太郎,岡田聡史,岡田聡史,武田(神谷)紀子,豊岡公徳,最相大輔,平山隆志,持田恵一,辻寛之,辻寛之 育種学研究 24. 2022 Dissection of developmental state transition in the shoot apical meristem of barley grown under field conditions by single meristem RNA-seq ITO Jun,NOMURA Yuko,TAKAHAGI Kotaro,OKADA Satoshi,SATO Nao,MATSUMOTO Hiroki,ARAI Shunichi,SUGIMURA Midori,SEKI Midori,HATTORI Koosuke,UMEZAKI Taizo,SAISHO Daisuke,MOCHIDA Keiichi,HIRAYAMA Takashi,TSUJI Hiroyuki 日本植物生理学会年会(Web) 63rd. 2022 Data driven crop design technology 平山隆志,岡田聡史,最相大輔,井藤純,服部公央亮,池田陽子,梅崎太造,辻寛之,持田恵一 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 44th. 2021 Developmental trajectory analysis of the shoot apex in barley by single meristem transcriptome 井藤純,野村有子,佐藤奈緒,岡田聡史,高萩航太郎,杉村みどり,関緑,最相大輔,持田恵一,平山隆志,辻寛之 育種学研究 23. 2021 さらに表示する more

書籍等出版物	books	プラネタリーヘルス : 私たちと地球の未来のために Myers, Samuel,Frumkin, Howard,長崎大学,河野, 茂 丸善出版 2022年03月 9784621307090 脱石油に向けたCO[2]資源化技術 : 化学・生物プロセスを中心に = Carbon dioxide capture and utilization by chemical processing and bioprocessing for break away from dependence on oil 湯川, 英明 シーエムシー出版 2020年07月 9784781315102 次世代シーケンサー活用術 : トップランナーの最新研究事例に学ぶ 伊藤, 昌可,伊藤, 恵美,林崎, 良英 化学同人 2015年03月 9784759815900 遺伝学 中村, 千春 化学同人 2007年10月 9784759811018 プラネタリーヘルス : 私たちと地球の未来のために Myers, Samuel,Frumkin, Howard,長崎大学,河野, 茂 丸善出版 2022/03 9784621307090 脱石油に向けたCO[2]資源化技術 : 化学・生物プロセスを中心に = Carbon dioxide capture and utilization by chemical processing and bioprocessing for break away from dependence on oil 湯川, 英明 シーエムシー出版 2020/07 9784781315102 次世代シーケンサー活用術 : トップランナーの最新研究事例に学ぶ 伊藤, 昌可,伊藤, 恵美,林崎, 良英 化学同人 2015/03 9784759815900 遺伝学 中村, 千春 化学同人 2007/10 9784759811018

講演・口頭発表等	conference	Advances in omics and bioinformatics for gene discovery in plants Keiichi Mochida Plant Genes and “Omics”: Technology Development 2016年02月11日 2016年02月12日 草本モデル植物から作物への研究展開 持田恵一 植物科学シンポジウム2015：ラボとフィールドを結ぶ植物科学 2015年12月02日 人工ヘテローシス技術による植物バイオマスの多次元増産 持田恵一 植物バイオ研究会 2015年11月24日 データ科学と連携した植物研究 持田恵一 岡山大学資源植物化学研究所セミナー 2015年10月29日 Homoeolog-Specific Activation of Genes for Heat Acclimation in Brachypodium hybridum. Keiichi Mochida The Plant and Animal Genomics XXVII, San Diego, USA (2019) A life course approach aiming to design climate-resilient crops Keiichi Mochida workshop on Data driven crop design technology, Kyusyu, Japan (2018) A life-course approach to identify genetic and environmental factors related to agronomic traits to improve productivity in Barley Keiichi Mochida University of Illinoi Seminar Series, Urbana, USA (2018) Homoeolog-specific activation for heat acclimation in the allopolyploid grass Brachypodium hybridum. Keiichi Mochida The 3rd International Brachypodium Conference, Beijing, China (2017) Total RNA analysis of Brachypodium distachyon, a model plant, by Ion PGM semiconductor sequencing technologies. Keiichi Mochida The Plant and Animal Genomics XXII, Lifetechnologies Workshop, San Diego, USA (2014) Genomic Resources for Comparative Analysis In Pooideae. Keiichi Mochida Plant Genomics Congress USA (2013) Advances in omics and bioinformatics for gene discovery in plants Keiichi Mochida Plant Genes and “Omics”: Technology Development 2016/02/11 2016/02/12 草本モデル植物から作物への研究展開 持田恵一 植物科学シンポジウム2015：ラボとフィールドを結ぶ植物科学 2015/12/02 人工ヘテローシス技術による植物バイオマスの多次元増産 持田恵一 植物バイオ研究会 2015/11/24 データ科学と連携した植物研究 持田恵一 岡山大学資源植物化学研究所セミナー 2015/10/29 Homoeolog-Specific Activation of Genes for Heat Acclimation in Brachypodium hybridum. Keiichi Mochida The Plant and Animal Genomics XXVII, San Diego, USA (2019) A life course approach aiming to design climate-resilient crops Keiichi Mochida workshop on Data driven crop design technology, Kyusyu, Japan (2018) A life-course approach to identify genetic and environmental factors related to agronomic traits to improve productivity in Barley Keiichi Mochida University of Illinoi Seminar Series, Urbana, USA (2018) Homoeolog-specific activation for heat acclimation in the allopolyploid grass Brachypodium hybridum. Keiichi Mochida The 3rd International Brachypodium Conference, Beijing, China (2017) Total RNA analysis of Brachypodium distachyon, a model plant, by Ion PGM semiconductor sequencing technologies. Keiichi Mochida The Plant and Animal Genomics XXII, Lifetechnologies Workshop, San Diego, USA (2014) Genomic Resources for Comparative Analysis In Pooideae. Keiichi Mochida Plant Genomics Congress USA (2013) さらに表示する more

担当経験のある項目	teaching experience	応用ゲノム科学特論Ⅱ,応用ゲノム科学講究Ⅱ,ゲノムシステム科学特別講義II(分担),植物機能工学(分担),生命環境システム科学概説Ⅱ(分担)	応用ゲノム科学特論Ⅱ,応用ゲノム科学講究Ⅱ,ゲノムシステム科学特別講義II(分担),植物機能工学(分担),生命環境システム科学概説Ⅱ(分担)

Works

競争的資金等の研究課題	research grants	微細藻類による二酸化炭素の固定と資源化によるエネルギーおよび食料資源の持続的生産システムの創出 科学技術振興機構 国際的な科学技術共同研究などの推進 SATREPS 2021年 - 2026年 持続的農業を実現する作物生体ナノデバイス開発 日本学術振興会 科学研究費助成事業 2021年07月09日 - 2023年03月31日 根圏生態系の季節変動から紐解く二毛作体系の生物学的な持続性 日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(B) 2019年07月17日 - 2022年03月31日 時空間データのスパースモデリングと実データへの応用による現象理解 日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(C) 2019年04月01日 - 2022年03月31日 植物短鎖機能性ペプチド遺伝子の探索・解析基盤の開発 日本学術振興会 科学研究費助成事業 挑戦的研究(萌芽) 2019年06月28日 - 2021年03月31日 農地環境のメタ戦略:土壌・気象・作物の組み合わせ最適解による農地循環力の強化 日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(B) 2015年07月10日 - 2019年03月31日 自然現象や社会現象から得られる時空間データの統計モデリングと現象の理解の研究 日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(B) 2015年04月01日 - 2019年03月31日 甘草を中心とする重要マメ科薬用資源植物の統合ゲノム研究 日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(A) 2015年04月01日 - 2019年03月31日 ミナトカモジグサを用いた紋枯病抵抗性機構の解明とその原因遺伝子の同定 日本学術振興会 科学研究費助成事業 研究活動スタート支援 2016年08月26日 - 2018年03月31日 高速配列決定技術を用いたコケ植物の金属元素耐性等有用形質に関するオミクス解析 日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(C) 2015年04月01日 - 2018年03月31日 微細藻類による二酸化炭素の固定と資源化によるエネルギーおよび食料資源の持続的生産システムの創出 科学技術振興機構 国際的な科学技術共同研究などの推進 SATREPS 2021 - 2026 Development of novel bio-nanodevice for sustainable agriculture Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research 2021/07/09 - 2023/03/31 Biological sustainability of double-cropping supported by seasonal change in root microbiome Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B) 2019/07/17 - 2022/03/31 Sparse modeling of spatio-temporal data and phenonon understanding by application to real data Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research 2019/04/01 - 2022/03/31 Dissection of iron deficiency response involving novel short peptide FEP1. Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research 2019/06/28 - 2021/03/31 Meta heuristics in field environment: improvement of agronomic sustainability and productivity through optimization of soil, weather, and crops Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B) 2015/07/10 - 2019/03/31 Statistical modeling of spatio-temporal data on natural and social phenomena, and those understanding Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B) 2015/04/01 - 2019/03/31 Integrated genomics on important medicinal plants in Leguminosae Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (A) 2015/04/01 - 2019/03/31 Characterization of sheath blight-resistant mechanisms using Brachypodium distachyon Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Research Activity Start-up 2016/08/26 - 2018/03/31 Study for heavy metal tolerance in bryophytes based on high-throughput sequencing and multi-omics approaches Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C) 2015/04/01 - 2018/03/31 さらに表示する more

特許	patents	コムギ由来プロモーター 持田 恵一,篠崎 一雄,三木 隆二,田岡 直明 特願2014-71639 ユーグレナのゲノム改変方法、ユーグレナの育種方法及び化合物の製造方法 野村俊尚,井上小槙,上原由紀子,持田恵一,山田康嗣,岩田修,鈴木健吾 特願2019-127118 ゲノム編集された微細藻類、微細藻類のゲノム改変方法、微細藻類の育種方法および化合物もしくは藻体粉末の製造方法 特願2021-191364 コムギ由来プロモーター 持田 恵一,篠崎 一雄,三木 隆二,田岡 直明 特願2014-71639 ユーグレナのゲノム改変方法、ユーグレナの育種方法及び化合物の製造方法 野村俊尚,井上小槙,上原由紀子,持田恵一,山田康嗣,岩田修,鈴木健吾 特願2019-127118 ゲノム編集された微細藻類、微細藻類のゲノム改変方法、微細藻類の育種方法および化合物もしくは藻体粉末の製造方法 特願2021-191364

社会貢献活動	social contribution	ミドリムシ、オオムギなど、多様な生物の産業応用をゲノム解析で加速する 情報提供,寄稿 ㈱イルミナ 『理研と未来を創る会」第25回セミナー 講師 理研と未来を創る会 2020年10月 - 理化学研究所横浜キャンパス一般公開 講師 理化学研究所 2019年09月21日 - SS 立志講演会 講師 松山高校 2019年01月16日 - ミドリムシ、オオムギなど、多様な生物の産業応用をゲノム解析で加速する informant,contribution ㈱イルミナ 『理研と未来を創る会」第25回セミナー lecturer 理研と未来を創る会 2020/10 - 理化学研究所横浜キャンパス一般公開 lecturer 理化学研究所 2019/09/21 - SS 立志講演会 lecturer 松山高校 2019/01/16 -

メディア報道	media_coverage	コムギの光合成は2段階の葉緑体発生過程を経て成立する －葉の成長過程における詳細な遺伝子発現マップを作成－ https://www.riken.jp/press/2021/20210525_4/index.html 2021年05月 オオムギ遺伝資源のゲノム多様性を解明 －オオムギのデジタル育種の実現が期待－ https://www.riken.jp/press/2020/20201126_2/index.html 2020年11月06日 ミドリムシでの高効率ゲノム編集に成功 －バイオ燃料生産などに向けた有用ミドリムシ育種へ期待－ 日本経済新聞 https://www.nikkei.com/article/DGXLRSP512226_X10C19A6000000/ 2019年06月17日 異質倍数体植物における祖先種由来のストレス応答機構 －異質倍数体作物の改良や有用遺伝子の探索に役立つ基盤－ https://www.riken.jp/press/2018/20180314_2/index.html 2018年03月14日 種子の寿命をコントロールする －長寿命かつ発芽力の高い種子の開発に貢献－ https://www.riken.jp/press/2017/20170818_1/index.html 生薬「甘草」のゲノム解読に成功 －重要生薬の原料の安定供給と有用遺伝子の探索に貢献－ 日経バイオテク https://bio.nikkeibp.co.jp/atcl/news/p1/16/10/21/01742/ ミナトカモジグサとコムギの蓄積代謝物の共通点と相違点を解明 －草本バイオマス研究と麦類研究を加速させる研究基盤を提供－ https://www.riken.jp/press/2015/20150715_1/index.html コムギの光合成は2段階の葉緑体発生過程を経て成立する －葉の成長過程における詳細な遺伝子発現マップを作成－ https://www.riken.jp/press/2021/20210525_4/index.html 2021/05 オオムギ遺伝資源のゲノム多様性を解明 －オオムギのデジタル育種の実現が期待－ https://www.riken.jp/press/2020/20201126_2/index.html 2020/11/06 ミドリムシでの高効率ゲノム編集に成功 －バイオ燃料生産などに向けた有用ミドリムシ育種へ期待－ 日本経済新聞 https://www.nikkei.com/article/DGXLRSP512226_X10C19A6000000/ 2019/06/17 異質倍数体植物における祖先種由来のストレス応答機構 －異質倍数体作物の改良や有用遺伝子の探索に役立つ基盤－ https://www.riken.jp/press/2018/20180314_2/index.html 2018/03/14 種子の寿命をコントロールする －長寿命かつ発芽力の高い種子の開発に貢献－ https://www.riken.jp/press/2017/20170818_1/index.html 生薬「甘草」のゲノム解読に成功 －重要生薬の原料の安定供給と有用遺伝子の探索に貢献－ 日経バイオテク https://bio.nikkeibp.co.jp/atcl/news/p1/16/10/21/01742/ ミナトカモジグサとコムギの蓄積代謝物の共通点と相違点を解明 －草本バイオマス研究と麦類研究を加速させる研究基盤を提供－ https://www.riken.jp/press/2015/20150715_1/index.html

学術貢献活動	academic_contribution	みんなのミドリムシプロジェクト 企画立案・運営等 独立行政法人科学技術振興機構研究戦略センター報告書(CRDS-FY2010-XR-21) グリーン・バイオマス・イノベーションの創出に向けた戦略研究 ～光合成生物の生産・利用に関する新技術創出によるグローバル解決課題へのロードマップ～ その他 独立行政法人科学技術振興機構研究戦略センター 独立行政法人科学技術振興機構研究戦略センター報告書(CRDS-FY2011-IC-05) ライフサイエンス分野 科学技術・研究開発の国際比較 その他 独立行政法人科学技術振興機構研究戦略センター 独立行政法人科学技術振興機構研究戦略センター報告書(CRDS-FY2016-FR-06) ライフサイエンス・臨床医学分野 健康・医療・農業データ科学 その他 独立行政法人科学技術振興機構研究戦略センター みんなのミドリムシプロジェクト planning_etc 独立行政法人科学技術振興機構研究戦略センター報告書(CRDS-FY2010-XR-21) グリーン・バイオマス・イノベーションの創出に向けた戦略研究 ～光合成生物の生産・利用に関する新技術創出によるグローバル解決課題へのロードマップ～ others 独立行政法人科学技術振興機構研究戦略センター 独立行政法人科学技術振興機構研究戦略センター報告書(CRDS-FY2011-IC-05) ライフサイエンス分野 科学技術・研究開発の国際比較 others 独立行政法人科学技術振興機構研究戦略センター 独立行政法人科学技術振興機構研究戦略センター報告書(CRDS-FY2016-FR-06) ライフサイエンス・臨床医学分野 健康・医療・農業データ科学 others 独立行政法人科学技術振興機構研究戦略センター

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