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研究キーワード	research interests

研究分野	research research_areas	生命、健康、医療情報学,ゲノム生物学	Biological, health, and medical informatics,Genomics

学歴	education	2011年04月 － 2016年03月 東京大学大学院 新領域創成科学研究科 2007年04月 － 2011年03月 東京大学 理学部 2011/04 － 2016/03 東京大学大学院 新領域創成科学研究科 2007/04 － 2011/03 The University of Tokyo Faculty of Science

経歴	experience	2020年04月 － 長崎大学 情報データ科学部 准教授 2019年04月 － 2020年03月 特定国立研究開発法人理化学研究所 革新知能統合研究センター 医用画像解析チーム 基礎科学特別研究員 2016年04月 － 2019年03月 特定国立研究開発法人理化学研究所 生命機能科学研究センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット 学振PD 2020/04 － Nagasaki University 情報データ科学部 准教授 2019/04 － 2020/03 RIKEN 革新知能統合研究センター 医用画像解析チーム 基礎科学特別研究員 2016/04 － 2019/03 RIKEN 生命機能科学研究センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット 学振PD

委員歴	committee memberships	2023年04月 － 日本バイオインフォマティクス学会 理事 2020年04月 － 日本バイオインフォマティクス学会 JSBi Bioinformatics Review幹事 2021年01月 － 2021年10月 日本バイオインフォマティクス学会 第20回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021) 実行委員 2023/04 － 日本バイオインフォマティクス学会 理事 2020/04 － 日本バイオインフォマティクス学会 JSBi Bioinformatics Review幹事 2021/01 － 2021/10 日本バイオインフォマティクス学会 第20回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021) 実行委員

所属学協会	association memberships	日本バイオインフォマティクス学会	日本バイオインフォマティクス学会

受賞	awards

論文	papers	Injury-driven stromal exhaustion disrupts intrinsic regenerative capability. Sixun Wu,Hirotaka Matsumoto,Keita Kondo,Aiko Kuroda,Jumpei Morita,Takeshi Moriishi,Shawn A Hallett,Yuki Matsuo,Azumi Noguchi,Mitsuaki Ono,Makoto Abe,Kosei Ito,Shinsuke Ohba,Noriaki Ono,Yuki Matsushita Nature communications 17巻1号 2026年08月19日 Distinct repeat architecture landscapes in the proteomes of protozoan parasites Hirotaka Matsumoto,Jing Hong NAR Genomics and Bioinformatics 2026年06月27日 Singularities in bivariate normal mixtures Yutaro Kabata,Hirotaka Matsumoto,Seiichi Uchida,Masao Ueki Information Geometry 2025年10月15日 M694I variant of MEFV drives pathogenesis of familial Mediterranean fever through enhanced Th17 cell differentiation. Tomohiro Koga,Yoshika Tsuji,Kaori Furukawa,Yushiro Endo,Masataka Umeda,Lamiaa Yaser Helmy Mohamed,Hirotaka Matsumoto,Atsushi Kawakami Rheumatology (Oxford, England) 2025年07月04日 Early determination of the dorsal-ventral axis in endochondral ossification in mice. Sixun Wu,Hirotaka Matsumoto,Jumpei Morita,Mina Yamabe,Azumi Noguchi,Shinsuke Ohba,Noriaki Ono,Yuki Matsushita Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research 2025年06月23日 Csf1r⁻ macrophages govern the second wave of neutrophils for bone repair. Yasuhiro Kobayashi,Zhifeng He,Linan Shi,Yuko Nakamichi,Kohei Murakami,Toshide Mizoguchi,Yuki Matsushita,Hirotaka Matsumoto,Shinichirou Ito,Shunsuke Uehara,Rina Iwamoto,Takumi Takahashi,Zizhao Tian,Toru Hiraga Hiraga,Ruoxuan Li,Masataka Kasahara,Kazuo Okamoto,Hiroshi Takayanagi,Martin Matzuk,Nobuyuki Udagawa Research square 2025年05月22日 系列データにおける正弦波効果・馬蹄効果への省察―直鎖グラフにおけるラプラシアン固有マップの視点から― 松本 拡高,露崎 弘毅 JSBi Bioinformatics Review 6巻1号29頁-40頁 2025年 行列・テンソル分解によるヘテロバイオデータ統合解析の数理―第6回 系列データ― 露崎 弘毅,松本 拡高 JSBi Bioinformatics Review 6巻1号11頁-28頁 2025年 NeTaGFT: A similarity network‐based method for trait analysis Hirotaka Matsumoto,Motomu Matsui Methods in Ecology and Evolution 2023年11月23日 IL-27 produced during acute malaria infection regulates Plasmodium-specific memory CD4+ T cells. Maria Lourdes Macalinao,Shin-Ichi Inoue,Sanjaadorj Tsogtsaikhan,Hirotaka Matsumoto,Ganchimeg Bayarsaikhan,Jiun-Yu Jian,Kazumi Kimura,Yoshiaki Yasumizu,Tsuyoshi Inoue,Hiroki Yoshida,Julius Hafalla,Daisuke Kimura,Katsuyuki Yui EMBO molecular medicine e17713頁- 2023年10月19日 Injury-driven stromal exhaustion disrupts intrinsic regenerative capability. Sixun Wu,Hirotaka Matsumoto,Keita Kondo,Aiko Kuroda,Jumpei Morita,Takeshi Moriishi,Shawn A Hallett,Yuki Matsuo,Azumi Noguchi,Mitsuaki Ono,Makoto Abe,Kosei Ito,Shinsuke Ohba,Noriaki Ono,Yuki Matsushita Nature communications 17.1. 2026/08/19 Distinct repeat architecture landscapes in the proteomes of protozoan parasites Hirotaka Matsumoto,Jing Hong NAR Genomics and Bioinformatics 2026/06/27 Singularities in bivariate normal mixtures Yutaro Kabata,Hirotaka Matsumoto,Seiichi Uchida,Masao Ueki Information Geometry 2025/10/15 M694I variant of MEFV drives pathogenesis of familial Mediterranean fever through enhanced Th17 cell differentiation. Tomohiro Koga,Yoshika Tsuji,Kaori Furukawa,Yushiro Endo,Masataka Umeda,Lamiaa Yaser Helmy Mohamed,Hirotaka Matsumoto,Atsushi Kawakami Rheumatology (Oxford, England) 2025/07/04 Early determination of the dorsal-ventral axis in endochondral ossification in mice. Sixun Wu,Hirotaka Matsumoto,Jumpei Morita,Mina Yamabe,Azumi Noguchi,Shinsuke Ohba,Noriaki Ono,Yuki Matsushita Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research 2025/06/23 Csf1r⁻ macrophages govern the second wave of neutrophils for bone repair. Yasuhiro Kobayashi,Zhifeng He,Linan Shi,Yuko Nakamichi,Kohei Murakami,Toshide Mizoguchi,Yuki Matsushita,Hirotaka Matsumoto,Shinichirou Ito,Shunsuke Uehara,Rina Iwamoto,Takumi Takahashi,Zizhao Tian,Toru Hiraga Hiraga,Ruoxuan Li,Masataka Kasahara,Kazuo Okamoto,Hiroshi Takayanagi,Martin Matzuk,Nobuyuki Udagawa Research square 2025/05/22 Reflections of Sine Wave Effects and Horseshoe Effects in Sequential Data―From the Perspective of Laplacian Eigenmaps of Path Graph― Matsumoto Hirotaka,Tsuyuzaki Koki JSBi Bioinformatics Review 6.1.29-40 2025 Mathematics for Heterogeneous Biological Data Fusion Analysis with Matrix-Tensor Factorization―Part VI. Sequential Data― Tsuyuzaki Koki,Matsumoto Hirotaka JSBi Bioinformatics Review 6.1.11-28 2025 NeTaGFT: A similarity network‐based method for trait analysis Hirotaka Matsumoto,Motomu Matsui Methods in Ecology and Evolution 2023/11/23 IL-27 produced during acute malaria infection regulates Plasmodium-specific memory CD4+ T cells. Maria Lourdes Macalinao,Shin-Ichi Inoue,Sanjaadorj Tsogtsaikhan,Hirotaka Matsumoto,Ganchimeg Bayarsaikhan,Jiun-Yu Jian,Kazumi Kimura,Yoshiaki Yasumizu,Tsuyoshi Inoue,Hiroki Yoshida,Julius Hafalla,Daisuke Kimura,Katsuyuki Yui EMBO molecular medicine e17713- 2023/10/19 さらに表示する more

MISC

At least seven modes in a heteroscedastic three-component bivariate Gaussian mixture Yutaro Kabata,Hirotaka Matsumoto,Akifumi Okuno 2026年08月03日 マウス生殖系列で発生するde novo変異から見る哺乳類ゲノムの進化 内村有邦,内村有邦,樋口真弓,水口洋平,松本拡高,若山清香,若山照彦,佐藤康成,福村龍太郎,辻隆弘,今中正明,中本芳子,三浦昭子,権藤洋一,豊田敦,八木健 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 41st巻ROMBUNNO.1頁- 2018年 日常化するシングルセル遺伝子発現解析【網羅的な1細胞発現から知識を取り出すデータ解析技術の新展開】 松本拡高,二階堂愛 月刊細胞 49巻6号273‐276頁-276頁 2017年05月31日 DDBJデータ解析チャレンジ報告:機械学習コンペティションのタスク設計とルール設定 神沼英里,馬場雪乃,望月正弘,松本拡高,尾崎遼,岡山利次,加藤卓也,沖真弥,小笠原理,鹿島久嗣,高木利久 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 39th巻ROMBUNNO.2頁- 2016年 確率過程から読み解く遺伝子発現ダイナミクス 松本拡高,木立尚孝 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 37th巻1P-0978 (W頁- 2014年 ハプロタイプアセンブリの確率論的モデル 松本拡高,木立尚孝 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 34th巻2P-0208 (W頁- 2011年 At least seven modes in a heteroscedastic three-component bivariate Gaussian mixture Yutaro Kabata,Hirotaka Matsumoto,Akifumi Okuno 2026/08/03 マウス生殖系列で発生するde novo変異から見る哺乳類ゲノムの進化 内村有邦,内村有邦,樋口真弓,水口洋平,松本拡高,若山清香,若山照彦,佐藤康成,福村龍太郎,辻隆弘,今中正明,中本芳子,三浦昭子,権藤洋一,豊田敦,八木健 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 41st.ROMBUNNO.1- 2018 日常化するシングルセル遺伝子発現解析【網羅的な1細胞発現から知識を取り出すデータ解析技術の新展開】 松本拡高,二階堂愛 月刊細胞 49.6.273‐276-276 2017/05/31 DDBJデータ解析チャレンジ報告:機械学習コンペティションのタスク設計とルール設定 神沼英里,馬場雪乃,望月正弘,松本拡高,尾崎遼,岡山利次,加藤卓也,沖真弥,小笠原理,鹿島久嗣,高木利久 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 39th.ROMBUNNO.2- 2016 確率過程から読み解く遺伝子発現ダイナミクス 松本拡高,木立尚孝 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 37th.1P-0978 (W- 2014 A probabilistic model for haplotype assembly 松本拡高,木立尚孝 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 34th.2P-0208 (W- 2011

書籍等出版物	books	トランスクリプトーム解析 松本, 拡高,浜田, 道昭 コロナ社 2025年04月 9784339027365 トランスクリプトーム解析 松本, 拡高,浜田, 道昭 コロナ社 2025/04 9784339027365

講演・口頭発表等	conference

担当経験のある項目	teaching experience

Works

競争的資金等の研究課題	research grants	種を超えて保存された組織常在性Treg細胞/MΦ連関制御に基づくMRONJ病態形成機構解明 日本学術振興会 科学研究費助成事業 2026年04月01日 - 2030年03月31日 キャッスルマン病、TAFRO症候群における精密医療実現のための統合的分子解析研究 日本学術振興会 科学研究費助成事業 2026年04月01日 - 2029年03月31日 骨肉腫から紐解く骨格幹細胞と骨髄ニッチを基軸とした生命現象の光と影、そして未来 日本学術振興会 科学研究費助成事業 2025年04月01日 - 2029年03月31日 がんの骨転移における間葉系幹細胞の細胞運命およびがんの進展メカニズムの包括的解明 日本学術振興会 科学研究費助成事業 2024年04月01日 - 2027年03月31日 自己免疫疾患における所属リンパ節の免疫機能是正を標的軸としたデザイナー細胞の開発 日本学術振興会 科学研究費助成事業 2023年04月01日 - 2027年03月31日 重症型骨系統疾患タナトフォリック骨異形成症における致死メカニズムの解明と治療基盤の構築 日本医療研究開発機構（AMED） 難治性疾患実用化研究事業（病態・若手） 2024年 - 2027年 研究分担者 Osteomacs/骨髄幹細胞連関による骨配向性低下がもたらす口腔疾患慢性・難治性機構解明 日本学術振興会 科学研究費助成事業 2023年06月30日 - 2026年03月31日 マクロファージのヒエラルキー決定によるMRONJ病因解明と新規治療法開発基盤構築 日本学術振興会 科学研究費助成事業 2022年04月01日 - 2026年03月31日 双曲空間に基づく新規系統解析手法の開発 日本学術振興会 科学研究費助成事業 若手研究 2021年04月01日 - 2026年03月31日 組織マクロファージの動的恒常性維持機能を標的軸としたデザイナー細胞医薬の開発 日本学術振興会 科学研究費助成事業 2024年04月01日 - 2025年03月31日 Understanding of MRONJ pathophysiology based on cross-species conserved regulation of tissue-resident Treg cell/macrophage crosstalk Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research 2026/04/01 - 2030/03/31 キャッスルマン病、TAFRO症候群における精密医療実現のための統合的分子解析研究 日本学術振興会 科学研究費助成事業 2026/04/01 - 2029/03/31 Skeletal stem cells and the bone marrow niche: uncovering the dual nature of regeneration and tumorigenesis Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research 2025/04/01 - 2029/03/31 がんの骨転移における間葉系幹細胞の細胞運命およびがんの進展メカニズムの包括的解明 日本学術振興会 科学研究費助成事業 2024/04/01 - 2027/03/31 自己免疫疾患における所属リンパ節の免疫機能是正を標的軸としたデザイナー細胞の開発 日本学術振興会 科学研究費助成事業 2023/04/01 - 2027/03/31 重症型骨系統疾患タナトフォリック骨異形成症における致死メカニズムの解明と治療基盤の構築 日本医療研究開発機構（AMED） 難治性疾患実用化研究事業（病態・若手） 2024 - 2027 coinvestigator Determination of chronic or intractable mechanisms induced by low bone quality with osteomacs and bone marrow derived stem cells interaction Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research 2023/06/30 - 2026/03/31 Understanding of pathophysiology and development of treatment strategy for MRONJ based on the hierarchical structure of macrophages Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research 2022/04/01 - 2026/03/31 双曲空間に基づく新規系統解析手法の開発 日本学術振興会 科学研究費助成事業 若手研究 2021/04/01 - 2026/03/31 組織マクロファージの動的恒常性維持機能を標的軸としたデザイナー細胞医薬の開発 日本学術振興会 科学研究費助成事業 2024/04/01 - 2025/03/31 さらに表示する more

特許	patents	特許第7355325号 細胞系譜生成方法、プログラム、及び細胞系譜生成装置 八木 健,内村 有邦,佐藤 康成,松本 拡高 特願2019-139833 特許第7355325号 細胞系譜生成方法、プログラム、及び細胞系譜生成装置 八木 健,内村 有邦,佐藤 康成,松本 拡高 特願2019-139833

社会貢献活動	social contribution

メディア報道	media_coverage

学術貢献活動	academic_contribution

その他	etc