研究キーワード	research interests	量子化学,計算化学,生物物理,化学物理	量子化学,計算化学,生物物理,化学物理

研究分野	research research_areas	基礎物理化学,生物物理、化学物理、ソフトマターの物理,薬系化学、創薬科学,生物物理学	Basic physical chemistry,Bio-, chemical, and soft-matter physics,Pharmaceuticals - chemistry and drug development,Biophysics

学歴	education	2013年03月 － 京都大学 2009年04月 － 2012年03月 京都大学 大学院理学研究科 2005年04月 － 2007年03月 京都大学 大学院理学研究科 2001年04月 － 2005年03月 京都大学 理学部 2013/03 － Kyoto University 2009/04 － 2012/03 Kyoto University Graduate School of Science 2005/04 － 2007/03 Kyoto University Graduate School of Science 2001/04 － 2005/03 Kyoto University 理学部

経歴	experience	2026年04月 － 長崎大学 薬学部 非常勤講師 2015年07月 － 長崎大学 大学院医歯薬学総合研究科 助教 2023年04月 － 2026年03月 長崎大学 薬学部 助教 2015年07月 － 2024年03月 国立研究開発法人理化学研究所 客員研究員 2015年04月 － 2015年06月 国立研究開発法人理化学研究所 特別研究員 2013年04月 － 2015年03月 工学院大学 基礎・教養教育部門 非常勤講師 2012年04月 － 2015年03月 独立行政法人理化学研究所 基礎科学特別研究員 2007年04月 － 2009年03月 株式会社日立製作所 中央研究所 2026/04 － Nagasaki University School of Pharmaceutical Sciences 非常勤講師 2015/07 － Nagasaki University Graduate School of Biomedical Sciences Assistant Professor 2023/04 － 2026/03 Nagasaki University School of Pharmaceutical Sciences 助教 2015/07 － 2024/03 RIKEN Visiting Researcher 2015/04 － 2015/06 RIKEN Postdoctral Reseacher 2013/04 － 2015/03 Kogakuin University 基礎・教養教育部門 非常勤講師 2012/04 － 2015/03 RIKEN Special Postdoctral Researcher 2007/04 － 2009/03 Hitachi Ltd. Central Research Laboratory

委員歴	committee memberships

所属学協会	association memberships	日本生物物理学会,CBI学会,日本蛋白質科学会,分子シミュレーション学会,分子科学会,日本物理学会	THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN,CBI学会,日本蛋白質科学会,分子シミュレーション学会,JAPAN SOCIETY FOR MOLECULAR SCIENCE,THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN

受賞	awards	2012年02月 2012 NTHU-KAIST-KYOTO Junior Chemist Symposium Best PowerPoint Presentation Award 2011年10月 分子科学会 第5回分子科学討論会 分子科学会優秀ポスター賞 2012年02月 2012 NTHU-KAIST-KYOTO Junior Chemist Symposium Best PowerPoint Presentation Award 2011年10月 分子科学会 第5回分子科学討論会 分子科学会優秀ポスター賞

論文	papers	Unbiased structure assignment of peptide conformers: application of similarity scores to Ace-AA-O-Bzl vibrational spectra Hiroki Otaki,Yuji Sugita,Kiyoshi Yagi Chemical Physics 611巻113373頁-113373頁 2026年12月 Similarity scores of vibrational spectra reveal the atomistic structure of pentapeptides in multiple basins Hiroki Otaki,Shun-ichi Ishiuchi,Masaaki Fujii,Yuji Sugita,Kiyoshi Yagi Physical Chemistry Chemical Physics 26巻13号9906頁-9914頁 2024年03月 Similarity scores of vibrational spectra reveal the atomistic structure of pentapeptides in multiple basins Hiroki Otaki,Shun-ichi Ishiuchi,Masaaki Fujii,Yuji Sugita,Kiyoshi Yagi ChemRxiv 10.26434/chemrxiv-2023-qn9rc巻 2023年02月 Singlet-oxygen photosensitizers with a tetrad structure and a single BODIPY chromophore: An evidence for transition state stabilization of intersystem crossing Toshihide Maki,Zheyang Zhou,Yukari Irie,Takahide Matsunaga,Takae Onodera,Shoji Imamichi,Yuka Sasaki,Mitsuko Masutani,Hiroki Otaki,Eri Sakuda,Yoshimasa Tanaka,Hiroyuki Murota Dyes and Pigments 210巻110963頁-110963頁 2022年11月 Conformation-Dependent Influences of Hydrophobic Amino Acids in Two In-Register Parallel β-Sheet Amyloids, an α-Synuclein Amyloid and a Local Structural Model of PrPSc Hiroki Otaki,Yuzuru Taguchi,Noriyuki Nishida ACS Omega 7巻35号31271頁-31288頁 2022年09月06日 Lead Optimization of Influenza Virus RNA Polymerase Inhibitors Targeting PA–PB1 Interaction Satoshi Mizuta,Hiroki Otaki,Takeshi Ishikawa,Juliann Nzembi Makau,Tomoko Yamaguchi,Takuya Fujimoto,Nobuyuki Takakura,Nobuki Sakauchi,Shuji Kitamura,Hikaru Nono,Ryota Nishi,Yoshimasa Tanaka,Kohsuke Takeda,Noriyuki Nishida,Ken Watanabe Journal of Medicinal Chemistry 65巻1号369頁-385頁 2022年01月13日 Systemic lupus erythematosus overlapping dermatomyositis owing to a heterozygous TREX1 Asp130Asn missense mutation Yushiro Endo,Tomohiro Koga,Hiroki Otaki,Kaori Furukawa,Atsushi Kawakami Clinical Immunology 227巻108732頁- 2021年04月 Idiopathic multicentric Castleman disease with novel heterozygous Ile729Met mutation in exon 10 of familial Mediterranean fever gene Yushiro Endo,Tomohiro Koga,Hiroki Otaki,Daisuke Sasaki,Remi Sumiyoshi,Kaori Furukawa,Yoshimasa Tanaka,Yanagihara Katsunori,Atsushi Kawakami Rheumatology 60巻1号445頁-450頁 2020年08月23日 A quinolinone compound inhibiting the oligomerization of nucleoprotein of influenza A virus prevents the selection of escape mutants Juliann Nzembi Makau,Ken Watanabe,Hiroki Otaki,Satoshi Mizuta,Takeshi Ishikawa,Yuji O. Kamatari,Noriyuki Nishida Viruses 12巻3号337頁- 2020年 Molecular dynamics simulation of local structural models of PrPSc reveals how codon 129 polymorphism affects propagation of PrPSc Hiroki Otaki,Yuzuru Taguchi,Noriyuki Nishida bioRxiv 2019.12.25.888289巻 2019年12月 Unbiased structure assignment of peptide conformers: application of similarity scores to Ace-AA-O-Bzl vibrational spectra Hiroki Otaki,Yuji Sugita,Kiyoshi Yagi Chemical Physics 611.113373-113373 2026/12 Similarity scores of vibrational spectra reveal the atomistic structure of pentapeptides in multiple basins Hiroki Otaki,Shun-ichi Ishiuchi,Masaaki Fujii,Yuji Sugita,Kiyoshi Yagi Physical Chemistry Chemical Physics 26.13.9906-9914 2024/03 Similarity scores of vibrational spectra reveal the atomistic structure of pentapeptides in multiple basins Hiroki Otaki,Shun-ichi Ishiuchi,Masaaki Fujii,Yuji Sugita,Kiyoshi Yagi ChemRxiv 10.26434/chemrxiv-2023-qn9rc. 2023/02 Singlet-oxygen photosensitizers with a tetrad structure and a single BODIPY chromophore: An evidence for transition state stabilization of intersystem crossing Toshihide Maki,Zheyang Zhou,Yukari Irie,Takahide Matsunaga,Takae Onodera,Shoji Imamichi,Yuka Sasaki,Mitsuko Masutani,Hiroki Otaki,Eri Sakuda,Yoshimasa Tanaka,Hiroyuki Murota Dyes and Pigments 210.110963-110963 2022/11 Conformation-Dependent Influences of Hydrophobic Amino Acids in Two In-Register Parallel β-Sheet Amyloids, an α-Synuclein Amyloid and a Local Structural Model of PrPSc Hiroki Otaki,Yuzuru Taguchi,Noriyuki Nishida ACS Omega 7.35.31271-31288 2022/09/06 Lead Optimization of Influenza Virus RNA Polymerase Inhibitors Targeting PA–PB1 Interaction Satoshi Mizuta,Hiroki Otaki,Takeshi Ishikawa,Juliann Nzembi Makau,Tomoko Yamaguchi,Takuya Fujimoto,Nobuyuki Takakura,Nobuki Sakauchi,Shuji Kitamura,Hikaru Nono,Ryota Nishi,Yoshimasa Tanaka,Kohsuke Takeda,Noriyuki Nishida,Ken Watanabe Journal of Medicinal Chemistry 65.1.369-385 2022/01/13 Systemic lupus erythematosus overlapping dermatomyositis owing to a heterozygous TREX1 Asp130Asn missense mutation Yushiro Endo,Tomohiro Koga,Hiroki Otaki,Kaori Furukawa,Atsushi Kawakami Clinical Immunology 227.108732- 2021/04 Idiopathic multicentric Castleman disease with novel heterozygous Ile729Met mutation in exon 10 of familial Mediterranean fever gene Yushiro Endo,Tomohiro Koga,Hiroki Otaki,Daisuke Sasaki,Remi Sumiyoshi,Kaori Furukawa,Yoshimasa Tanaka,Yanagihara Katsunori,Atsushi Kawakami Rheumatology 60.1.445-450 2020/08/23 A quinolinone compound inhibiting the oligomerization of nucleoprotein of influenza A virus prevents the selection of escape mutants Juliann Nzembi Makau,Ken Watanabe,Hiroki Otaki,Satoshi Mizuta,Takeshi Ishikawa,Yuji O. Kamatari,Noriyuki Nishida Viruses 12.3.337- 2020 Molecular dynamics simulation of local structural models of PrPSc reveals how codon 129 polymorphism affects propagation of PrPSc Hiroki Otaki,Yuzuru Taguchi,Noriyuki Nishida bioRxiv 2019.12.25.888289. 2019/12 さらに表示する more

MISC

分子動力学計算を用いたDNA分解酵素の失活メカニズムの解明 大滝大樹 スーパーコンピューティングニュース 26巻2号47頁-51頁 2024年03月 分子動力学計算によるアミロイド凝集様態の理論的解析 大滝大樹 スーパーコンピューティングニュース 24巻3号81頁-87頁 2022年05月 分子動力学シミュレーションによる自己炎症性疾患に関わるタンパク質の研究 大滝大樹 スーパーコンピューティングニュース 23巻特集号1号28頁-34頁 2021年08月 インフルエンザRNAポリメラーゼを阻害するキノリノン誘導体の開発研究 水田賢志,大滝大樹,渡邊健 日本薬学会年会要旨集(Web) 141st巻 2021年 インフルエンザRNAポリメラーゼPA-PB1蛋白質間相互作用阻害剤の開発研究 水田賢志,大滝大樹,渡邊健 日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 140th巻 2020年 分子動力学計算によるアミロイド凝集様態の理論的解析 大滝 大樹 スーパーコンピューティングニュース 21巻特集号1号47頁-53頁 2019年08月 拡張アンサンブル法を用いたタンパク質の構造変化と変異が及ぼす影響の解析 大滝 大樹 スーパーコンピューティングニュース 20巻特集号1号3頁-9頁 2018年02月 新規作用機序をもつ抗インフルエンザウイルス薬の開発 渡邊健,石川岳志,大滝大樹,水田賢志,濱田剛,浦田秀造,安田二朗,田中義正,西田教行,西田教行 日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 138th巻 2018年 新たな作用機序をもつ抗インフルエンザウイルス薬の開発 渡辺健,石川岳志,水田賢志,中垣岳大,大滝大樹,濱田剛,田中義正,西田教行 日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 137th巻 2017年 バルプロン酸とカルバペネム系抗菌薬の相互作用機序の計算化学的考察 水田賢志,石川岳志,大滝大樹,栗山正巳,尾野村治,樋口則英,中嶋弥穂子,中嶋幹郎,大山要 日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 137th巻 2017年 大滝大樹 スーパーコンピューティングニュース 26.2.47-51 2024/03 大滝大樹 スーパーコンピューティングニュース 24.3.81-87 2022/05 大滝大樹 スーパーコンピューティングニュース 23.特集号1.28-34 2021/08 Design and synthesis of quinolinone derivatives which inhibit influenza virus RNA polymerase 水田賢志,大滝大樹,渡邊健 日本薬学会年会要旨集(Web) 141st. 2021 Drug discovery of anti-influenza viral RNA-dependent RNA polymerase agents by targeting the PA-PB1 interaction 水田賢志,大滝大樹,渡邊健 日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 140th. 2020 大滝 大樹 スーパーコンピューティングニュース 21.特集号1.47-53 2019/08 大滝 大樹 スーパーコンピューティングニュース 20.特集号1.3-9 2018/02 渡邊健,石川岳志,大滝大樹,水田賢志,濱田剛,浦田秀造,安田二朗,田中義正,西田教行,西田教行 日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 138th. 2018 渡辺健,石川岳志,水田賢志,中垣岳大,大滝大樹,濱田剛,田中義正,西田教行 日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 137th. 2017 水田賢志,石川岳志,大滝大樹,栗山正巳,尾野村治,樋口則英,中嶋弥穂子,中嶋幹郎,大山要 日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 137th. 2017 さらに表示する more

書籍等出版物	books	Molecular Spectroscopy: A Quantum Chemistry Approach Kiyoshi Yagi,Hiroki Otaki,Pai-chi Li,Bo Thomsen,Yuji Sugita Wiley-VCH 2019年07月 9783527344611 Molecular Spectroscopy: A Quantum Chemistry Approach Kiyoshi Yagi,Hiroki Otaki,Pai-chi Li,Bo Thomsen,Yuji Sugita Wiley-VCH 2019/07 9783527344611

講演・口頭発表等	conference	Designing cyclic peptides to inhibit pathogenic amyloid conversion in human prion diseases as potential therapeutic agents Hiroya Tange,Hiroki Otaki,Takehiro Nakagaki,Miho Kaneko,Hirokazu Kumazaki,Kouichi Morita,Noriyuki Nishida 第1回AMED-SCARDA「ワクチン開発のための世界トップレベル研究開発拠点の形成事業」合同シンポジウム 2024年02月01日 2024年01月31日 2024年02月02日 分子動力学シミュレーションと残基間相互作用ネットワークによるDNA分解酵素変異体の相互作用解析 大滝大樹 日本化学会 第103春季年会 2023年03月23日 2023年03月22日 2023年03月25日 日本化学会 分子動力学計算とネットワークグラフを用いたDNA分解酵素における変異の影響の解析 大滝大樹 第36回分子シミュレーション討論会 2022年12月05日 2022年12月05日 2022年12月07日 分子シミュレーション学会 分子動力学計算とネットワーク解析を用いたDNA分解酵素における変異の影響の解析 大滝大樹 第128回日本物理学会九州支部例会 2022年12月03日 2022年12月03日 2022年12月03日 日本物理学会九州支部 Molecular dynamics study of the three prime repair exonuclease 1 and its mutants 大滝大樹 第60回日本生物物理学会年会 2022年09月29日 2022年09月28日 2022年09月30日 日本生物物理学会 Analysis of the effects of mutations on the three prime repair exonuclease 1 using molecular dynamics simulation and network analysis Hiroki Otaki 2022年日本バイオインフォマティクス学会年会・第11回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2022） 2022年09月13日 2022年09月13日 2022年09月15日 日本バイオインフォマティクス学会・日本オミックス医学会 分子動力学計算を用いたDNA分解酵素の失活メカニズムの解明 大滝大樹 JHPCN：学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点 第14回 シンポジウム 2022年07月07日 2022年07月07日 2022年07月08日 分子動力学計算を用いたDNA分解酵素の失活メカニズムの解明 大滝大樹 東京大学情報基盤センター 2021年度「若手・女性利用者推薦」成果報告会 2022年06月27日 2022年06月27日 2022年06月27日 分子動力学計算とネットワーク解析を用いたDNA分解酵素における変異の影響の解析 大滝大樹 第127回日本物理学会九州支部例会 2021年12月04日 2021年12月04日 2021年12月04日 分子動力学計算を用いたDNA分解酵素における変異の影響の解析 大滝大樹 第35回分子シミュレーション討論会 2021年11月29日 2021年11月29日 2021年12月01日 Designing cyclic peptides to inhibit pathogenic amyloid conversion in human prion diseases as potential therapeutic agents Hiroya Tange,Hiroki Otaki,Takehiro Nakagaki,Miho Kaneko,Hirokazu Kumazaki,Kouichi Morita,Noriyuki Nishida 第1回AMED-SCARDA「ワクチン開発のための世界トップレベル研究開発拠点の形成事業」合同シンポジウム 2024/02/01 2024/01/31 2024/02/02 Interaction analysis of DNA exonuclease mutants using molecular dynamics simulations and residue interaction network Hiroki Otaki 日本化学会 第103春季年会 2023/03/23 2023/03/22 2023/03/25 The Chemical Society of Japan 分子動力学計算とネットワークグラフを用いたDNA分解酵素における変異の影響の解析 大滝大樹 第36回分子シミュレーション討論会 2022/12/05 2022/12/05 2022/12/07 分子シミュレーション学会 分子動力学計算とネットワーク解析を用いたDNA分解酵素における変異の影響の解析 大滝大樹 第128回日本物理学会九州支部例会 2022/12/03 2022/12/03 2022/12/03 日本物理学会九州支部 Molecular dynamics study of the three prime repair exonuclease 1 and its mutants Hiroki Otaki The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2022/09/29 2022/09/28 2022/09/30 Biophysical Society of Japan Analysis of the effects of mutations on the three prime repair exonuclease 1 using molecular dynamics simulation and network analysis Hiroki Otaki 2022年日本バイオインフォマティクス学会年会・第11回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2022） 2022/09/13 2022/09/13 2022/09/15 日本バイオインフォマティクス学会・日本オミックス医学会 分子動力学計算を用いたDNA分解酵素の失活メカニズムの解明 大滝大樹 JHPCN：学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点 第14回 シンポジウム 2022/07/07 2022/07/07 2022/07/08 分子動力学計算を用いたDNA分解酵素の失活メカニズムの解明 大滝大樹 東京大学情報基盤センター 2021年度「若手・女性利用者推薦」成果報告会 2022/06/27 2022/06/27 2022/06/27 分子動力学計算とネットワーク解析を用いたDNA分解酵素における変異の影響の解析 大滝大樹 第127回日本物理学会九州支部例会 2021/12/04 2021/12/04 2021/12/04 分子動力学計算を用いたDNA分解酵素における変異の影響の解析 大滝大樹 第35回分子シミュレーション討論会 2021/11/29 2021/11/29 2021/12/01 さらに表示する more

担当経験のある項目	teaching experience	医学ゼミ,医薬品評価学,全学教養モジュールII：疾患の分子標的とクスリの開発,教養教育：疾患の分子標的の研究,教養教育：バイオインフォマティクスからの分子標的医学入門,物理学演習I,基礎物理学演習,物理学演習Ⅱ,リサーチセミナー	Small group medical seminar,医薬品評価学,全学教養モジュールII：疾患の分子標的とクスリの開発,教養教育：疾患の分子標的の研究,教養教育：バイオインフォマティクスからの分子標的医学入門,物理学演習I,基礎物理学演習,物理学演習Ⅱ,リサーチセミナー

Works

競争的資金等の研究課題	research grants

特許	patents	抗ウィルス薬 水田賢志,大滝大樹,田中義正,畑山範,石川岳志,池田正徳,武田緑 特願2019-069458 2019年03月29日 キノリノン化合物および抗ＲＮＡウイルス薬 水田賢志,渡辺健,西田教行,濱田剛,石川岳志,田中義正,大滝大樹,安田二郎,浦田秀造 特願2019-510239 2018年03月30日 キノリノン化合物および抗RNAウイルス治療薬 水田賢志,渡辺健,西田教行,濱田剛,石川岳志,田中義正,大滝大樹 特願2017-72230 2017年03月 荷電粒子線応用装置 大滝 大樹,圓山 百代,太田 洋也 特願2010-546578 2010年01月04日 荷電粒子線応用装置 大滝 大樹,圓山 百代,太田 洋也 JP2010000003 2010年01月04日 抗ウィルス薬 水田賢志,大滝大樹,田中義正,畑山範,石川岳志,池田正徳,武田緑 特願2019-069458 2019/03/29 Preparation of quinolinone compounds for use in anti-RNA virus drugs Mizuta, Satoshi,Watanabe, Ken,Nishida, Noriyuki,Hamada, Tuyoshi,Ishikawa, Takeshi,Tanaka, Yoshimasa,Otaki, Hiroki,Yasuda, Jiro,Urata, Shuzo 特願2019-510239 2018/03/30 キノリノン化合物および抗RNAウイルス治療薬 水田賢志,渡辺健,西田教行,濱田剛,石川岳志,田中義正,大滝大樹 特願2017-72230 2017/03 荷電粒子線応用装置 大滝 大樹,圓山 百代,太田 洋也 特願2010-546578 2010/01/04 Charged particle beam applied apparatus OTAKI Hiroki JP2010000003 2010/01/04

社会貢献活動	social contribution	第127回日本物理学会九州支部例会 会場D（領域12,13） 座長 運営参加・支援 第127回日本物理学会九州支部例会 2021年12月04日 - 第21回日本中性子捕捉療法学会学術大会 運営委員 運営参加・支援 2025年07月25日 - 2025年07月26日 第127回日本物理学会九州支部例会 会場D（領域12,13） 座長 organizing_member 第127回日本物理学会九州支部例会 2021/12/04 - 第21回日本中性子捕捉療法学会学術大会 運営委員 organizing_member 2025/07/25 - 2025/07/26

メディア報道	media_coverage

学術貢献活動	academic_contribution

その他	etc