研究キーワード	research interests

研究分野	research research_areas

学歴	education

経歴	experience	2022年02月 － 長崎大学 熱帯医学研究所 准教授 2023年08月 － 2024年05月 University of California at Davis Visiting Associate Professor 2020年09月 － 2022年01月 長崎大学 熱帯医学研究所 助教 2016年04月 － 2020年08月 University of California at Davis Assistant Project Scientist 2013年04月 － 2016年03月 University of California at Davis Postdoc 2010年04月 － 2013年03月 大阪大学 微生物病研究所 特任研究員 2022/02 － Nagasaki University Institute of Tropical Medicine Associate Professor 2023/08 － 2024/05 University of California at Davis Visiting Associate Professor 2020/09 － 2022/01 Nagasaki University Institute of Tropical Medicine Assistant Professor 2016/04 － 2020/08 University of California at Davis Assistant Project Scientist 2013/04 － 2016/03 University of California at Davis Postdoc 2010/04 － 2013/03 Osaka University Research Institute for Microbial Diseases PostDoc

委員歴	committee memberships	2024年04月 － 長崎大学大学生物災害等防止安全運営委員会, 委員 2024/04 － 長崎大学大学生物災害等防止安全運営委員会, 委員

所属学協会	association memberships	日本細菌学会,American Society for Microbiology,日本免疫学会,日本生体防御学会,日本ファージセラピー研究会	日本細菌学会,American Society for Microbiology,日本免疫学会,日本生体防御学会,日本ファージセラピー研究会

受賞	awards	2023年 長崎大学 インパクト論文賞 2022年 長崎大学 インパクト論文賞 2016年 日本細菌学会 黒屋奨学賞 2012年 毒素シンポジウム 奨励賞 2010年 大阪大学大学院医学系研究科 博士課程優秀者 2023年 長崎大学 インパクト論文賞 2022年 Nagasaki University Award for impact publication 2016年 Japanese Society for Bacteriology Kuroya Award 2012年 Japanese Society for Symposium on Toxins Young Researcher’s Award 2010年 Osaka University Award for Exceptional Academic Excellence in the Doctor Course

論文	papers	Performance of mechanically sheared DNA in multiplexed Oxford Nanopore sequencing for Salmonella Typhi genomic surveillance Hsu Thinzar Maung,Masamoto Morita,Su Myat Han,Hiroyuki Mishima,Chisa Koga,Jan Wendzl C. Evangelista,Mark John Girasol,Shuichi Suzuki,Koh-ichiro Yoshiura,Toshio Kodama,Chris Smith,Hirotaka Hiyoshi Microbial Genomics 12巻7号 2026年07月27日 Identification of pandemic clade-specific genetic marker with genomic insight into Vibrio parahaemolyticus Masatomo Morita,Kazuhisa Okada,Sarunporn Tandhavanan,Hirotaka Hiyoshi,Eiji Arakawa,Hidemasa Izumiya,Amonrattana Roobthaisong,Warawan Wongboo,Moses Lorenzo Akyeh,Tetsuya Iida,Yukihiro Akeda,Toshio Kodama Access Microbiology 2026年02月26日 A new mouse model of typhoid fever using Salmonella enterica serovar Paratyphi C as a surrogate pathogen Hoan T. Pham,Masatomo Morita,Kohei Yamazaki,Toshihiro Endo,Satoshi Takayama,Azusa Hiyoshi,Takeshi Haneda,Renée M. Tsolis,Andreas J. Bäumler,Toshio Kodama,Hirotaka Hiyoshi mBio 2026年01月16日 African Salmonella enterica serovar Typhimurium ST313 isolates prevent reactive oxygen species production by human neutrophils via elevated PgtE expression Annica R. Stull-Lane,Lizbeth Camacho,Amber E. R. Van Hecke,Blanca Perez-Sepulveda,Eli J. Bejarano,Maria G. Winter,Sebastian E. Winter,Jay C. D. Hinton,Andreas J. Bäumler,Hirotaka Hiyoshi,Renée M. Tsolis mBio 2025年08月13日 Virulence Potential of Nonclinical Vibrio parahaemolyticus Isolates From Vietnam: Evidence for Functional T3SS2‐Mediated Enterotoxicity Moses Lorenzo Akyeh,Masatomo Morita,Sarunporn Tandhavanant,Ballamoole Krishna Kumar,Pham Hong Quynh Anh,Tran Thi Hien,Pham Tuyet Ngoc Linh,Nguyen Dong Tu,Vu Thi Mai Hien,Taichiro Takemura,Hiroyuki Terashima,Hirotaka Hiyoshi,Kazuhisa Okada,Toshio Kodama Microbiology and Immunology 2025年06月29日 Regulatory mechanism for host-cell contact-dependent T3SS gene expression in Vibrio parahaemolyticus Sarunporn Tandhavanant,Hiroyuki Terashima,Hirotaka Hiyoshi,Dhira Saraswati Anggramukti,Nopadol Precha,Tetsuya Iida,Shigeaki Matsuda,Narisara Chantratita,Toshio Kodama mSystems 2025年06月17日 Genomic and pathogenicity analyses to identify the causative agent from multiple serogroups of non-O1, non-O139 Vibrio cholerae in foodborne outbreaks Masatomo Morita,Hirotaka Hiyoshi,Eiji Arakawa,Hidemasa Izumiya,Makoto Ohnishi,Kikuyo Ogata,Mari Sasaki,Hiroshi Narimatsu,Emiko Kitagawa,Yukihiro Akeda,Toshio Kodama Microbial Genomics 11巻2号 2025年02月26日 Salmonella Typhi genotypic diversity, cluster identification and antimicrobial resistance determinants in Mukuru settlement, Nairobi Kenya Purity Kasiano, Masatomo Morita, Toshio Kodama, Hirotaka Hiyoshi, Susan Kavai, Susan Kiiru, Samuel Kariuki. BMC Infectious Diseases 24巻1号 2024年07月24日 The Vi Capsular Polysaccharide of Salmonella Typhi Promotes Macrophage Phagocytosis by Binding the Human C-Type Lectin DC-SIGN. Lillian F. Zhang,Bernd Lepenies,Sayuri Nakamae,Briana M. Young,Renato L. Santos,Manuela Raffatellu,Brian A. Cobb,Hirotaka Hiyoshi,Andreas J. Bäumler mBio 13巻6号 2022年12月20日 Host cells subdivide nutrient niches into discrete biogeographical microhabitats for gut microbes. Megan J. Liou,Brittany M. Miller,Yael Litvak,Henry Nguyen,Dean E. Natwick,Hannah P. Savage,Jordan A. Rixon,Scott P. Mahan,Hirotaka Hiyoshi,Andrew W.L. Rogers,Eric M. Velazquez,Brian P. Butler,Sean R. Collins,Stephen J. McSorley,Rasika M. Harshey,Mariana X. Byndloss,Scott I. Simon,Andreas J. Bäumler Cell Host & Microbe 30巻6号836頁-847頁 2022年06月 Performance of mechanically sheared DNA in multiplexed Oxford Nanopore sequencing for Salmonella Typhi genomic surveillance Hsu Thinzar Maung,Masamoto Morita,Su Myat Han,Hiroyuki Mishima,Chisa Koga,Jan Wendzl C. Evangelista,Mark John Girasol,Shuichi Suzuki,Koh-ichiro Yoshiura,Toshio Kodama,Chris Smith,Hirotaka Hiyoshi Microbial Genomics 12.7. 2026/07/27 Identification of pandemic clade-specific genetic marker with genomic insight into Vibrio parahaemolyticus Masatomo Morita,Kazuhisa Okada,Sarunporn Tandhavanant,Hirotaka Hiyoshi,Eiji Arakawa,Hidemasa Izumiya,Amonrattana Roobthaisong,Warawan Wongboot,Moses Lorenzo Akyeh,Tetsuya Iida,Yukihiro Akeda,Toshio Kodama Access Microbiology 2026/02/26 A new mouse model of typhoid fever using Salmonella enterica serovar Paratyphi C as a surrogate pathogen Hoan T. Pham,Masatomo Morita,Kohei Yamazaki,Toshihiro Endo,Satoshi Takayama,Azusa Hiyoshi,Takeshi Haneda,Renée M. Tsolis,Andreas J. Bäumler,Toshio Kodama,Hirotaka Hiyoshi mBio 2026/01/16 African Salmonella enterica serovar Typhimurium ST313 isolates prevent reactive oxygen species production by human neutrophils via elevated PgtE expression Annica R. Stull-Lane,Lizbeth Camacho,Amber E. R. Van Hecke,Blanca Perez-Sepulveda,Eli J. Bejarano,Maria G. Winter,Sebastian E. Winter,Jay C. D. Hinton,Andreas J. Bäumler,Hirotaka Hiyoshi,Renée M. Tsolis mBio 2025/08/13 Virulence Potential of Nonclinical Vibrio parahaemolyticus Isolates From Vietnam: Evidence for Functional T3SS2‐Mediated Enterotoxicity Moses Lorenzo Akyeh,Masatomo Morita,Sarunporn Tandhavanant,Ballamoole Krishna Kumar,Pham Hong Quynh Anh,Tran Thi Hien,Pham Tuyet Ngoc Linh,Nguyen Dong Tu,Vu Thi Mai Hien,Taichiro Takemura,Hiroyuki Terashima,Hirotaka Hiyoshi,Kazuhisa Okada,Toshio Kodama Microbiology and Immunology 2025/06/29 Regulatory mechanism for host-cell contact-dependent T3SS gene expression in Vibrio parahaemolyticus Sarunporn Tandhavanant,Hiroyuki Terashima,Hirotaka Hiyoshi,Dhira Saraswati Anggramukti,Nopadol Precha,Tetsuya Iida,Shigeaki Matsuda,Narisara Chantratita,Toshio Kodama mSystems 2025/06/17 Genomic and pathogenicity analyses to identify the causative agent from multiple serogroups of non-O1, non-O139 Vibrio cholerae in foodborne outbreaks Masatomo Morita,Hirotaka Hiyoshi,Eiji Arakawa,Hidemasa Izumiya,Makoto Ohnishi,Kikuyo Ogata,Mari Sasaki,Hiroshi Narimatsu,Emiko Kitagawa,Yukihiro Akeda,Toshio Kodama Microbial Genomics 11.2. 2025/02/26 Salmonella Typhi genotypic diversity, cluster identification and antimicrobial resistance determinants in Mukuru settlement, Nairobi Kenya. Purity Kasiano,Masatomo Morita,Toshio Kodama,Hirotaka Hiyoshi,Susan Kavai,Susan Kiiru,Samuel Kariuki BMC Infectious Diseases 24.1. 2024/07/24 The Vi Capsular Polysaccharide of Salmonella Typhi Promotes Macrophage Phagocytosis by Binding the Human C-Type Lectin DC-SIGN. Lillian F. Zhang,Bernd Lepenies,Sayuri Nakamae,Briana M. Young,Renato L. Santos,Manuela Raffatellu,Brian A. Cobb,Hirotaka Hiyoshi,Andreas J. Bäumler mBio 13.6. 2022/12/20 Host cells subdivide nutrient niches into discrete biogeographical microhabitats for gut microbes. Megan J. Liou,Brittany M. Miller,Yael Litvak,Henry Nguyen,Dean E. Natwick,Hannah P. Savage,Jordan A. Rixon,Scott P. Mahan,Hirotaka Hiyoshi,Andrew W.L. Rogers,Eric M. Velazquez,Brian P. Butler,Sean R. Collins,Stephen J. McSorley,Rasika M. Harshey,Mariana X. Byndloss,Scott I. Simon,Andreas J. Bäumler Cell Host & Microbe 30.6.836-847 2022/06 さらに表示する more

MISC

書籍等出版物	books	ネズミチフス菌のエフェロサイトーシスを利用した生存戦略 日吉大貴 月刊細胞（ニューサイエンス社） 2023年05月 腸炎ビブリオ菌の下痢原性に寄与する新規のIII型分泌装置のエフェクターVopVの同定 日吉大貴,児玉年央 ライフサイエンス 新着論文レビュー 2011年 Salmonella Typhimurium hijacks host “efferocytosis” to survive in neutrophil. Hirotaka Hiyoshi The CELLL (the New Science Co., Ltd.) 2023/05 VopV, an F-actin-binding type III secretion effector, is required for Vibrio parahaemolyticus-induced enterotoxicity. Hirotaka Hiyioshi,Toshio Kodama ライフサイエンス 新着論文レビュー 2011

講演・口頭発表等	conference	Comprehensive transcriptomic approaches reveal disturbance of the heterogeneity of host myeloid cells during Salmonella systemic infection. Hirotaka Hiyoshi,Mohamad Al Kadi,Toshio Kodama,Andras J Baumler,Daisuke Okuzaki 第54回免疫学会総会, 姫路, 12月10-12日, 2025. 2025年12月12日 2025年12月10日 2025年12月12日 サルモネラ全身感染における宿主免疫防御の単一細胞トランスクリプトーム技術による包括的な解析 日吉大貴 第98回日本生化学会大会, 京都, 11月3-5日, 2025. 2025年11月04日 2025年11月03日 2025年11月05日 Comprehensive transcriptomic approaches reveal the heterogeneity of host myeloid cells during Salmonella infection. Hirotaka Hiyoshi,Mohamad Al Kadi,Toshio Kodama,Daisuke Okuzaki 九州微生物研究フォーラム2025, 沖縄, 9月12-13日, 2025. 2025年09月12日 2025年09月12日 2025年09月13日 Single-Cell Transcriptomics of Infiltrated Splenic Neutrophil Subsets during Salmonella Systemic Infection. Hirotaka Hiyoshi Gordon Research Conference (GRC) Salmonella Biology and Pathogenesis, New Hampshire,USA, August 3-8, 2025. 2025年08月06日 2025年08月03日 2025年08月08日 A single-cell RNA-seq approach to analyze the interaction of Salmonella with the host immune system Hirotaka Hiyoshi,Mohamad Al Kadi,Maika Yamashita,Daisuke Okuzaki,Toshio Kodama 第53回免疫学会総会、長崎、12月3-5日、2024. 2024年12月04日 2024年12月03日 2024年12月05日 A single-cell RNA-seq approach to analyze the interaction of Salmonella with the host immune system. Hirotaka Hiyoshi,Mohamad Al Kadi,Maika Yamashita,Daisuke Okuzaki,Toshio Kodama The 22nd Awaji international Forum on Infection and Immunity 2024, Kyoto, September 17-19, 2024. 2024年09月18日 2024年09月17日 2024年09月19日 A new single-cell RNA-seq approach to analyze interaction of Salmonella to host immune system. Hirotaka Hiyoshi,Mohamad Al Kadi,Maika Yamashita,Daisuke Okuzaki,Toshio Kodama 第97回日本細菌学会総会, 札幌, 8月7-9日, 2024. 2024年08月07日 2024年08月07日 2024年08月09日 Salmonella manipulates neutrophil activity and heterogeneity using the virulence factor T3SS-2. 日吉大貴 金沢大学セミナー, 金沢, 6月20日, 2024. 2024年06月20日 2024年06月20日 Analysis of the host immune cell heterogeneity during Salmonella infection through single-cell RNA sequencing. Hirotaka Hiyoshi Robert Koch Prize Symposium, USA, May 30-31, 2024. 2024年05月30日 2024年05月30日 2024年05月31日 An alternative S. Typhi mouse infection model. Hirotaka Hiyoshi Gordon Research Conference (GRC) Salmonella Biology and Pathogenesis, Italy, July 24-28, 2023. 2023年07月25日 2023年07月24日 2023年07月28日 Comprehensive transcriptomic approaches reveal disturbance of the heterogeneity of host myeloid cells during Salmonella systemic infection. Hirotaka Hiyoshi,Mohamad Al Kadi,Toshio Kodama,Andras J Baumler,Daisuke Okuzaki 第54回免疫学会総会, 姫路, 12月10-12日, 2025. 2025/12/12 2025/12/10 2025/12/12 サルモネラ全身感染における宿主免疫防御の単一細胞トランスクリプトーム技術による包括的な解析 日吉大貴 第98回日本生化学会大会, 京都, 11月3-5日, 2025. 2025/11/04 2025/11/03 2025/11/05 Comprehensive transcriptomic approaches reveal the heterogeneity of host myeloid cells during Salmonella infection. Hirotaka Hiyoshi,Mohamad Al Kadi,Toshio Kodama,Daisuke Okuzaki 九州微生物研究フォーラム2025, 沖縄, 9月12-13日, 2025. 2025/09/12 2025/09/12 2025/09/13 Single-Cell Transcriptomics of Infiltrated Splenic Neutrophil Subsets during Salmonella Systemic Infection. Hirotaka Hiyoshi Gordon Research Conference (GRC) Salmonella Biology and Pathogenesis, New Hampshire, USA, August 3-8, 2025 2025/08/06 2025/08/03 2025/08/08 A single-cell RNA-seq approach to analyze the interaction of Salmonella with the host immune system Hirotaka Hiyoshi,Mohamad Al Kadi,Maika Yamashita,Daisuke Okuzaki,Toshio Kodama 第53回免疫学会総会、長崎、12月3-5日、2024. 2024/12/04 2024/12/03 2024/12/05 A single-cell RNA-seq approach to analyze the interaction of Salmonella with the host immune system. Hirotaka Hiyoshi,Mohamad Al Kadi,Maika Yamashita,Daisuke Okuzaki,Toshio Kodama The 22nd Awaji international Forum on Infection and Immunity 2024, Kyoto, September 17-19, 2024. 2024/09/18 2024/09/17 2024/09/19 A new single-cell RNA-seq approach to analyze interaction of Salmonella to host immune system. Hirotaka Hiyoshi,Mohamad Al Kadi,Maika Yamashita,Daisuke Okuzaki,Toshio Kodama 第97回日本細菌学会総会, 札幌, 8月7-9日, 2024. 2024/08/07 2024/08/07 2024/08/09 Salmonella manipulates neutrophil activity and heterogeneity using the virulence factor T3SS-2. Hirotaka Hiyoshi 金沢大学セミナー, 金沢, 6月20日, 2024. 2024/06/20 2024/06/20 Analysis of the host immune cell heterogeneity during Salmonella infection through single-cell RNA sequencing. Hirotaka Hiyoshi Robert Koch Prize Symposium, USA, May 30-31, 2024. 2024/05/30 2024/05/30 2024/05/31 An alternative S. Typhi mouse infection model. Hirotaka Hiyoshi Gordon Research Conference (GRC) Salmonella Biology and Pathogenesis, Italy, July 24-28, 2023. 2023/07/25 2023/07/24 2023/07/28 さらに表示する more

担当経験のある項目	teaching experience

Works

競争的資金等の研究課題	research grants	ネズミチフス菌のT3SS-2を介した新規全身感染機構の解析 公益財団法人 武田科学振興財団 医学系研究継続助成 2024年09月 - 2029年03月 超多剤耐性チフス菌に対する２つの腸チフスマウスモデルを活⽤したファージ療法の開発 日本学術振興会 二国間交流事業 オープンパートナーシップ共同研究 2026年04月 - 2028年03月 研究代表者 新規scRNA-seq技術を用いたサルモネラ3型分泌装置による宿主免疫防御機構再構成の解析 日本学術振興会 科学研究費助成事業 2024年04月 - 2027年03月 固定組織シングルセルRNA-seq技術を用いたサルモネラ病原因子による宿主免疫細胞再構成の網羅的解析 一般財団法人 化学及血清療法研究所 研究助成 2024年01月 - 2025年12月 研究代表者 チフス性サルモネラ侵襲性発症機構の解明に向けた新規マウスモデルを用いた解析 日本学術振興会 科学研究費助成事業 2023年04月 - 2025年03月 研究代表者 アジアにおける侵襲性サルモネラゲノム疫学とそれに基づく病原性解析 国立研究開発法人 日本医療研究開発機構 振興・再興感染症研究基盤創生事業（海外拠点活用研究領域） 2022年05月 - 2025年03月 研究分担者 ネズミチフス菌のエフェロサイトーシスを利用した生存戦略 日本学術振興会 科学研究費助成事業 2021年04月01日 - 2024年03月31日 研究代表者 病原体感染細胞と⾮感染細胞を区別したトランスクリプトーム解析ができるscRNA-seqの研究開発 公益財団法人 大山健康財団 学術研究助成 2023年04月 - 2024年03月 研究代表者 ネズミチフス菌のT3SS-2を介した新規全身感染機構の解析 公益財団法人 武田科学振興財団 研究助成 2021年09月 - 2024年03月 研究代表者 Salmonella pathogenicity island 2 triggers pore-induced intracellular trap formation to evade killing by neutrophils National institute of Health (NIH) R21 Exploratory/ Development Grant 2020年02月 - 2023年01月 研究代表者 ネズミチフス菌のT3SS-2を介した新規全身感染機構の解析 公益財団法人 武田科学振興財団 医学系研究継続助成 2024/09 - 2029/03 超多剤耐性チフス菌に対する２つの腸チフスマウスモデルを活⽤したファージ療法の開発 日本学術振興会 二国間交流事業 オープンパートナーシップ共同研究 2026/04 - 2028/03 principal_investigator 新規scRNA-seq技術を用いたサルモネラ3型分泌装置による宿主免疫防御機構再構成の解析 日本学術振興会 科学研究費助成事業 2024/04 - 2027/03 固定組織シングルセルRNA-seq技術を用いたサルモネラ病原因子による宿主免疫細胞再構成の網羅的解析 一般財団法人 化学及血清療法研究所 研究助成 2024/01 - 2025/12 principal_investigator Analysis virulence factors of S Typhi by using an alternative mouse infection model Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Reserch -KAKENHI-, Found for Promotion of Joint Ineternational Research (Fostering Joint International Research (A)) 2023/04 - 2025/03 principal_investigator Epidemiological and pathogenicity analyses of invasive Salmonella based on genomics approach in Asia 国立研究開発法人 日本医療研究開発機構 振興・再興感染症研究基盤創生事業（海外拠点活用研究領域） 2022/05 - 2025/03 coinvestigator ネズミチフス菌のエフェロサイトーシスを利用した生存戦略 Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C) 2021/04/01 - 2024/03/31 principal_investigator Development of a scRNA-seq technique which capable of recognizing infected and uninfected cells. Ohyama Health Foundation inc. Grant for Research 2023/04 - 2024/03 principal_investigator ネズミチフス菌のT3SS-2を介した新規全身感染機構の解析 Takeda Science Foundation Science grant 2021/09 - 2024/03 principal_investigator Salmonella pathogenicity island 2 triggers pore-induced intracellular trap formation to evade killing by neutrophils National institute of Health (NIH) R21 Exploratory/ Development Grant 2020/02 - 2023/01 principal_investigator さらに表示する more

特許	patents

社会貢献活動	social contribution

メディア報道	media_coverage	ナポレオン軍のロシア遠征は感染症で壊滅か…仏研究所、兵士の遺体ＤＮＡから「パラチフス」と「回帰熱」特定 読売新聞 2025年12月17日 研究者インタビュー 一般財団法人 化学及血清療法研究所 2024年10月 Intracellular bacteria use sophisticated 'hack' to evade a host's immune system Phys.org 2022年02月 Intracellular bacteria use sophisticated ‘hack’ to evade a host’s immune system UC Davis Health 2022年02月 Intracellular pathogens trick the host’s immune system to evade destruction. AZO LIFE SCIENCES 2022年02月 ナポレオン軍のロシア遠征は感染症で壊滅か…仏研究所、兵士の遺体ＤＮＡから「パラチフス」と「回帰熱」特定 読売新聞 2025/12/17 研究者インタビュー 一般財団法人 化学及血清療法研究所 2024/10 Intracellular bacteria use sophisticated 'hack' to evade a host's immune system Phys.org 2022/02 Intracellular bacteria use sophisticated ‘hack’ to evade a host’s immune system UC Davis Health 2022/02 Intracellular pathogens trick the host’s immune system to evade destruction. AZO LIFE SCIENCES 2022/02

学術貢献活動	academic_contribution

その他	etc